大多为柯萨奇病毒所引起，A组2、4、6、9、16、22型皆可引起此病，B组1～5型也可致病，但较少见。此外，埃可病毒3、6、9、16、17、25型和肠道病毒70型也可引起本病。

疱疹性咽颊炎患者及隐性感染者是本病的主要传染源。可直接经由肠道、呼吸道传播，也可间接经污染的手、食品、衣服、用具等传播。

各年龄段人群均可受到感染，但以1～7岁多发。因婴幼儿呼吸道屏障功能不足，呼吸道黏膜柔嫩，呼吸道分泌抵抗细菌、病毒的免疫物质不足，呼吸道“自洁”功能差，故易发病。

潜伏期为2～4天。常急剧发热，热多为低度或中等度，偶见高达40℃以上，甚至引起惊厥。热程大都2～4天。年龄较大的患儿可诉咽痛，咽痛重者可影响吞咽。婴幼儿则表现为流涎、拒食、烦躁不安。有时伴头痛、腹痛或肌痛，5岁以下小儿有1/4可伴发呕吐。

典型症状出现在咽部。表现为咽部充血，起病2日内口腔黏膜出现数个(少则1～2个，多达10余个)小的(直径1～2mm)灰白色疱疹，周围绕以红晕。2～3日后红晕加剧扩大，疱疹破溃形成黄色溃疡。此种黏膜疹多见于扁桃体前柱，也可位于软腭，悬雍垂，扁桃体上，但不累及齿龈及颊黏膜。

病程一般为4～6天，偶有延至2周者。部分手足口病患儿以疱疹性咽峡炎为首发症状，随后可在手掌、足底、臀部等部位出现红色皮疹。

1.疱疹性口腔炎，其特点为任何季节均可发病，呈现更大的，持续更久的溃疡。

2.复发性口疮和贝氏(Bednar)口疮很少发生于咽部，而且一般无全身症状。

3.柯萨奇A组10型病毒也会引起类似病变(淋巴结性咽炎)，但口咽部损害突出，呈现白色到黄色小结，治疗为对症处理。

疱疹性咽峡炎传染性较强，应注意隔离治疗，患儿用过的餐具、玩具等进行消毒处理，防止交叉感染。患病期间注意休息，多饮温开水，多吃新鲜蔬菜及营养丰富易消化的食物，以增强身体抵抗力。忌食刺激性食物，不吃过热、过冷的食品。

目前对肠道病毒感染尚无特效疗法，主要是对症治疗。注意口腔卫生，保持口腔清洁。可用淡盐水漱口，用10%硝酸银涂于溃疡处或用咽喉灵丹，冰硼散等吹播咽部以减轻咽痛症状。口服维生素C及B等。

对于轻、中度发热，以物理降温为主。体温超过38.5℃时，可给予布洛芬等退热药。有高热惊厥及严重肌痛者，可适当给予镇静剂和止痛剂。

抗病毒治疗可选用利巴韦林、更昔洛韦、干扰素等。抗生素对病毒性咽峡炎无效，但如考虑合并有细菌感染，可酌情使用抗生素。

中药治疗对此病有一定效果，常用解毒利咽、化湿退热的治法，分内服及外用两类，应根据病情选择用药。

氦氖激光照射咽喉部双扁桃体穴及合谷穴各3分钟，可起到一定的治疗效果。

虽然同属于肠道病毒感染，发病和传播途径都相似，但手足口病有典型的散发在手掌、足底和肛周的粟粒样斑丘疹。